今作では、ポイントによる強制分岐は無いよう。

■分岐1

市ヶ谷駐屯地最深部のヤマトの間での最初の選択

メルカバーに味方⇒ロウエンド
ルシファーに見方⇒カオスエンド
どちらも倒す⇒ニュートラルエンド

どちらもここまでのデータで周回プレイは可能。
(合体制限が解除されるかは不明)

■分岐2(ニュートラルが更に2つに分岐)

宇宙の卵最深部

宇宙の卵を破壊する⇒キズナルート
宇宙の卵を破壊しない⇒皆殺しルート

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